ワールド・ビジョン・ジャパンでは、会計および業務全体に関して2名の監事による内部監査とともに、外部の独立した公認会計士に依頼して会計監査を受けています。その会計報告の概要は、年次報告書やホームページで公開しています。また、特定非営利活動法人を所轄する東京都と、認定NPO法人を認定する国税庁および東京都へ、事業報告書等を提出し情報公開を行っています。
ワールド・ビジョン全体としては、内部に監査機関を設置し、各国のすべての事務所が最低でも3~5年に一度、事務所全体の業務監査と会計監査を受けることになっています。もし監査の過程で疑義等が発生した場合は、その都度適切に対処します。